PKS awal didirikan pada 20 Juli 1998 dengan nama Partai Keadilan atau PK dalam sebuah konferensi pers di Aula Masjid Al-Azhar, Kebayoran Baru, Jakarta. Nurmahmudi Ismai’il adalah Presiden atau Ketua dari partai ini. PK pada 20 Oktober 1999 mendapatkan tawaran kursi Kementerian Kehutanan dan Perkebunan (Hutbun) dalam kabinet pemerintahan KH Abdurrahman Wahid, serta menunjuk Nurmahmudi Isma’il yang saat itu menjabat sebagai presiden Partai, untuk dicalonkan sebagai menteri.
Setelah itu Nurmahmudi mengundurkan diri dari jabatannya sebagai Presiden Partai, lalu digantikan oleh Hidayat Nur Wahid yang terpilih pada 21 Mei 2000. Delapan partai Islam seperti PPP, PBB, PK, Masyumi, PKU, PNU, PUI, dan PSII 1905, pada 3 Agustus 2000 menggelar sebuah acara sarasehan dan silaturahmi partai partai Islam di Masjid Al-Azhar serta meminta Piagam Jakarta untuk dimasukkan kedalam Amandemen UUD 1945.
Karena adanya UU Pemilu Nomor 3 Tahun 1999 tentang syarat berlakunya batas minimum keikutsertaan Partai Politik pada pemilu yang berikutnya (electoral threshold) dua persen. Sehingga untuk bisa ikut serta kembali pada pemilu berikutnya, PK harus merubah namanya.
Partai Keadilan Sejahtera atau PKS pada 2 Juli 2003, menyelesaikan seluruh proses verifikasi Departemen Kehakiman dan HAM (Depkehham) di tingkat Dewan Pimpinan Wilayah (setingkat Provinsi) serta Dewan Pimpinan Daerah (setingkat Kabupaten/Kota).
Sehari setelah itu, PK bergabung dengan PKS. Dengan adanya penggabungan tersebut, maka seluruh hak milik PK menjadi milik PKS, termasuk anggota dewan serta para kadernya. Berkat penggabungan tersebut maka secara resmi PK atau Partai Keadilan merubah namanya menjadi PKS atau Partai Keadilan Sejahtera.
Hidayat Nur Wahid yang saat itu sedang menjabat sebagai Presiden PKS setelah Pemilu 2004, kemudian terpilih menjadi Ketua MPR untuk masa bakti 2004-2009, lalu mengundurkan diri dari jabatannya sebagai Presiden Partai Keadilan Sejahtera. Kemudian pada sidang Majelis Syuro I PKS pada 26 – 29 Mei 2005 di Jakarta, yang terpilih menjadi Presiden PKS untuk periode 2005 – 2010 adalah Tifatul Sembiring.